结合以上各位经验设置成功. 以下以macOS为准.

  1. https访问

仅为github.com设置socks5代理(推荐这种方式, 公司内网就不用设代理了, 多此一举):
git config --global http.https://github.com.proxysocks5://127.0.0.1:1086
其中1086是socks5的监听端口, 这个可以配置的, 每个人不同, 在macOS上一般为1086.
设置完成后, ~/.gitconfig文件中会增加以下条目:

[http "https://github.com"]
proxy = socks5://127.0.0.1:1086
  1. ssh访问

需要修改~/.ssh/config文件, 没有的话新建一个. 同样仅为github.com设置代理:

Host github.com
  User git
  ProxyCommand nc -v -x 127.0.0.1:1086 %h %p

如果是在Windows下, 则需要个性%home%.ssh\config, 其中内容类似于:

Host github.com 
	User git
	ProxyCommand connect -S 127.0.0.1:1086 %h %p

这里-S表示使用socks5代理, 如果是http代理则为-H. connect工具git自带, 在\mingw64\bin\下面.

亲测可以,我的代理是Clash,端口改成默认的7890.
记录下问题过程: Clash 一开始使用Git命令没问题,突然某天提示:

ssh: connect to host ssh.github.com port 22: Connection refused
fatal: Could not read from remote repository.

win10配置:.ssh/config 配置文件供参考:

Host github.com
	User git
	Hostname ssh.github.com
	PreferredAuthentications publickey
	IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
	Port 22
	ProxyCommand nc -x 127.0.0.1:7890 %h %p